颅咽管瘤的复发率主要取决于治疗方式和切除程度，总体复发率比较高。因为本身颅咽管瘤是发生于残存胚胎胚层的鳞状上皮，生长的位置在鞍区周围比较重要的结构，比如较粗大的颈内动脉，以及视神经、海绵窦等部位，下丘脑都不能够受到伤害。
颅咽管瘤患者在进行切除手术时需要进行权衡，因为全切有可能会伤及重要结构，所以有可能会选择不全切，留一小块在重要结构附近，以保证患者的生存质量，甚至是生命，但会引起复发率的增高，如果进行全切，则复发率比较低。如果患者在术后颅咽管瘤复发，还可以选择再次切除，主要是为了保证患者术后的生存质量以及生命安全。
