肾穿刺对全身的损害较小，少数患者会出现血肿、腰痛，大概1‰-2‰的极少数患者会出现大出血导致休克，甚至需要做肾切除或者在DSA下做血管栓塞堵住出血，可能会影响肾功能。但肾穿刺通常对大多数患者的副作用较小，所以患者符合适应症可以做肾穿刺。

大多数患者肾穿后无并发症，也需要注意卧床休息，在肾穿后3个月内建议避免剧烈运动或者增高腹压的运动。