双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊主要含有三种益生菌，包括长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌以及粪肠球菌，这些益生菌在肠道内需要在厌氧环境下生长，可以抑制有害细菌生长以及产生毒素。因此这种药物通常在临床中用于由于肠道菌群失调引起的急性或者慢性腹泻，包括便秘、腹胀、消化不良等。

服用双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊时，由于这些益生菌非常安全，所以服用剂量通常比较大，临床上没有发现明显不良反应的病例。但是这种细菌是活菌制剂，需要放到冰箱冷藏，无法与抗生素合并使用，而且服用时要用温凉的水，避免使用过热的水服用。