口腔颌面部囊肿的治疗一般是以外科手术为主，比如软组织囊肿正常情况下只要把囊肿彻底切除即可，但是需要注意，比如皮脂腺囊肿，需要把皮脂腺表面的黑点即毛囊一起切除，再严密缝合。如果是舌下腺囊肿，可能将除囊肿以外的部分甚至整个舌下腺一起去除，防止复发。总体而言，软组织的口腔颌面部囊肿都是进行以外科手术为主的治疗。
对于颌骨囊肿，现在要根据颌骨囊肿范围以及与周围的结构关系判断。以前是所有颌骨囊肿都可以考虑做刮治治疗，甚至有时候把相应邻牙都一起拔除。随着治疗理念的更新，如果是单房性颌骨囊肿病变，可以考虑做开窗治疗，可以让囊肿范围不断缩小，有时可以保留患者的牙齿，但是如果病变是多囊性，或者变成成釉细胞瘤这种肿瘤性质的囊性病变，需要做彻底性的手术切除。除了开窗、根治性切除或彻底性切除，还要做刮治性治疗，能够达到比较好的治疗效果，所以颌骨囊肿需要根据囊肿性质、囊肿部位、囊肿的多少确定相应治疗方案。
