自身免疫性脑炎与普通病毒性脑炎相比症状较严重。自身免疫性脑炎80%愈后较良好，重症病人需于ICU住院1-5个月不等。抗NMDA受体脑炎死亡率达2.9%-9.5%，抗LGR1脑炎死亡率达6%。发现自身免疫性脑炎需及时至医院就诊，进行免疫治疗。多数细胞表面抗原来源的自身免疫性脑炎经免疫治疗效果较好；若为细胞内抗原来源的自身免疫性脑炎抗体，则免疫治疗效果不佳。