输尿管软镜碎石术后疼痛常见病因和治疗方式如下：

1、腰部疼痛：包括输尿管走行区疼痛，由术中扩张输尿管、进行激光操作引起，可口服吗啡或非甾体抗炎药物缓解；

2、膀胱区疼痛：亦称膀胱痉挛，疼痛伴随膀胱刺激症，由留置输尿管支架管引起，可采取口服M受体拮抗剂、减少活动量、多饮水、多排尿等方式缓解，最终解决方法是拔出输尿管支架管。