小儿肛门闭锁是急症，手术是唯一的治疗方法。如果不进行手术治疗，大便不能有效排出，患儿不能进食，不能供给营养，无法正常新陈代谢，患儿存活期不超过2周。一旦发现幼儿有肛门闭锁，要立刻到专科医院进行治疗，肛门闭锁的患儿可做肛门成型术或会阴手术。也可先采取结肠造瘘，解决排便问题，患儿在3-6月大时再进行关瘘与肛门成形术。