牙齿表面有黑点刷不掉的原因，主要有以下几方面：

1、外源性原因，部分患者有喝茶或喝咖啡的饮食习惯，从而导致牙齿表面有黑色斑渍，通常属于色素沉着，可采取超声波震荡方法去掉。如果患者喝茶频率较高，且斑渍通过洗牙、超声波震荡无法去除，可通过喷砂方法将黑色素斑点去掉，形成表面光滑结构，减少外来色素沉积；

2、牙齿小黑点可能是浅龋，主要跟患者习惯有关系，比如经常喝咖啡、喝茶，或者刷牙不到位形成。

总之，患者牙齿有黑点，需要根据不同情况进行不同诊治。