病毒性脑炎为病毒侵犯神经细胞引起炎症、水肿、坏死等改变，多数属于自限性疾病。病情轻重不等，轻者可自行缓解不会留下任何神经系统后遗症。少数病情危重患者，尤其单纯疱疹病毒脑炎者，可以出现脑实质严重受损、预后较差，多数可遗留神经及精神异常，也可出现运动障碍、癫痫、视觉、听觉功能受损及智力低下、反应迟钝，易导致死亡或遗留严重后遗症。

此外病毒性脑炎预后还与多种因素相关，如病情严重程度、患者自身免疫力及治疗及时与否，越早治疗预后越好。同时感染的病毒不同，病情严重程度也不同，所以预后因人而异。