肝胆管结石手术方式较多，以结石的位置和性质选取术式。传统的剖腹肝胆管结石术效果好，但存在损伤大及术后恢复时间长的弊端。

微创手术主要包括LCBDE及三镜联合，十二指肠镜下逆行胰胆管插管后EST+ERCP取石术，经脾、经肝穿刺胆中硬质胆道镜取石术等。有恶变倾向、肝胆结构出现狭窄、区段性肝脏萎缩时，可考虑剖腹或腹腔镜下肝区段切除。