电镜检查为肾活检病理中不可缺少的重要组成部分，可用于观察肾脏病理改变的超微结构，如基底膜厚度、足细胞的变化，以及电子致密物的沉积部位、沉积方式等。另外，电镜还可诊断部分特殊的肾脏疾病，如甲髌综合征、早期淀粉样变性病、胶原Ⅲ肾病、轻链病、重链病等。同时，电镜在鉴别薄基底膜肾病与Alport综合征时可起到决定性作用。