胃底折叠术相对安全有效，是治疗胃食管反流病的常用手术方式，无明显弊端，最常见并发症为术后吞咽困难，常见原因如下：

1、手术区域出现胃底、食管水肿，导致暂时性吞咽困难。术后3-6个月，随着胃底食管水肿的消失，吞咽困难自然缓解；

2、长期胃食管反流病导致患者已经适应贲门口松弛状态，术后恢复正常解剖结构后反而觉得吞咽困难，随着病程延长可逐渐适应，吞咽困难最终自行消失。