任何手术都有一定的风险，肛肠息肉手术也存在风险。肛肠手术包括结肠和肛门手术两类，结肠手术风险根据手术大小决定。内镜下息肉摘除手术的创伤较小，并发症主要是出血、穿孔。一旦出现穿孔，粪便进入腹腔可引起腹膜炎，导致感染性休克甚至危及生命。

肛门息肉发生的相对位置较低，治疗起来比较方便，主要并发症包括穿孔、肛周感染引起的肛周脓肿。假如腺瘤很大，内镜下切除一圈，愈合过程中还可能造成肛门狭窄。