淋病和非淋菌性尿道炎都可出现尿道不适的感觉，即泌尿生殖系统炎症的症状。但相对淋病症状更严重，它可出现尿道口红肿、流脓性分泌物、分泌物较多、尿痛感较明显的症状。
在医院就诊进行涂片检查，可以看到白细胞内外有革兰氏阴性双球菌，做PCR检测可以检测出淋球菌。非淋菌性尿道炎，即通常所说的支原体、衣原体感染，它的症状一般相对较轻，表现为尿道口有少量、黏液性分泌物，一般不会看到有明显的、脓性分泌物。
且尿痛症状较轻，部分人甚至没有尿痛的症状，只感觉尿道口分泌物有所增加，做涂片检查看不到淋球菌，而做PCR的检测一般查到的是支原体或者是衣原体。
另外，感染淋病一般在性接触后，起病时间较短，一般三五天就会发病。非淋菌性尿道炎，在性接触后，发病时间相对较长，长于一个星期。
通常在临床上有时不太好绝对区分这两种感染，并且这两种感染可能会同时发生。所以临床上看到尿道口有分泌物，都是同时做淋球菌和支原体、衣原体的检测，甚至有时在检测结果未出来之前，也会同时使用治疗非淋菌性尿道炎的药物。
