胃肠间质瘤现在临床上诊断是，如果肿瘤能够完整切除，需要做进一步的病理诊断，包括免疫组织化学标志物等，病理诊断在显微镜下可以看到梭形细胞。如果再做进一步诊断可以做CD117，CD34、DOG1，包括其它S100的检查，来诊断胃肠间质瘤，同时做相关的免疫组化检查，可以和平滑肌瘤、肉瘤，做鉴别诊断。术前如果有些肿瘤，通过影像学检查不能完整切除，需要靶向药物治疗，要术前再做相关的穿刺，做穿刺过后明确胃肠间质瘤的诊断，并且做相关的基因检查，来指导临床上的药物治疗选择。