临床上绝大多数病毒性脑炎的病患，预后都是良好的，很少有神经系统后遗症。能够导致病毒性脑炎的病原非常多，不同的种类治疗方法也大不相同。如果要治疗这种疾病，必须先做一系列检查，这是非常关键的。仅有少部分病毒，例如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒有特殊的抗病毒治疗方案，其余病毒还没有任何有效的药物可以达到根治的效果。目前主要采取对症治疗，不但可以达到康复的目的，还可以防止患者出现其它的并发症。因此，家长一定要特别注意，平常让孩子多锻炼，提高抗病毒的能力，尽量避免出现感染，否则会让病情变的更加严重；家长还要按时带着孩子接种麻疹、腮腺炎等疫苗，以减损病毒侵犯的可能。针对单纯疱疹病毒感染，国际上通用的治疗方案是选用阿昔洛韦，也提倡在诊断单纯疱疹病毒感染之后，在6小时以内使用阿昔洛韦进行积极的抗病毒治疗。针对巨细胞病毒感染的患者，目前首选的方案还是更昔洛韦，也是目前针对两个疾病比较有效的治疗方案。
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