肝囊肿手术会不会复发，首先取决于囊肿疾病，以及手术方式。以最常见先天性肝囊肿为例，单发性肝囊肿最常见手术方式就是切除部分囊壁，进行开窗引流，剩下的囊壁可继续分泌液体囊液，囊液进入腹腔后会被腹腔吸收，往往有些位置不太好，或者引流不畅，周围的组织会包裹，或者在原来位置出现类似于囊肿样的情况。如果采用肝囊肿整块切除的方式，或肝段切除方式把囊肿完全切除，患者则不会存在囊肿复发的情况，但这种手术方式损伤比较大，对患者伤害也会比较大，具体使用何种方式治疗，要由医生做决定，或者共同来商量做决定。多发性肝囊肿，因为多发性的肝囊肿基本损害的是整个肝脏，该情况基本都会复发，不可能完全切除干净。