肾盂癌的发生是复杂、多因素、多步骤的病理变化过程，既有内在的遗传因素，又有外在的环境因素，较为明显的两大致病危险因素是吸烟和长期接触工业化学产品，如染料、皮革、油漆等；肾盂长期受到慢性刺激，如炎症和结石，有时可以诱发肾盂鳞状上皮癌和腺癌；其他可能的致病因素还包括滥用含非那西丁的止痛药，长期饮用砷含量高的水和氯消毒水、染发，大量摄入脂肪、胆固醇、油煎食物和红肉也可能增加肾盂癌的发病危险。