体外冲击波碎石虽然是近乎无创的治疗方法，但是与冲击波碎石的操作者经验也有很大关系，包括定位可能不准，击打肾脏结石时有可能引起肾被膜下血肿和患者后续发烧，若是特别硬的石头，冲击波碎石之后无法把结石打碎，可能需要反反复复的碎石。部分结石已经在输尿管里，卡在输尿管时间很长，已经形成息肉包肉，针对该类结石，虽然通过体外碎石能将其打碎，但是因为息肉紧紧的把结石黏在原来的位置，结石打碎之后也排不下来。

部分结石打碎之后往下排的时候，因为结石特别多，容易在输尿管里面形成石街,所谓的石街即碎石头沿着输尿管排列，形成长长的街道一样的形式，该部分病人可能需要再次做体外冲击波碎石。

如果堵得比较厉害，可能还需要外科手术来干预。所以体外冲击波碎石并不是万能的治疗方法，也会有各种各样的意外情况发生，但总体来说体外冲击波碎石比较安全可靠。