引起腹泻的病毒较多，如儿童轮状病毒感染，以及聚集性的病例，如诺如病毒。新型冠状病毒也有胃肠道症状，如腹泻。不是每个出现腹泻症状的患者都需使用抗菌素，多数病毒引起的腹泻存在自愈性，属于人体调节的过程。

在秋天，儿童轮状病毒腹泻较为常见，可以表现为发热、腹痛、蛋花汤样粪便，通常能自愈好转。聚集性病例，如在幼儿园、医院等聚集地，出现集中性腹泻呕吐，诺如病毒就是罪魁祸首之一。病毒引起临床腹泻过程，情况严重时，需及时到医院相应门诊治疗。部分病毒需要按照标准的法定传染病隔离上报。