巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式。正常情况下，宫腔里有子宫内膜，内膜每个月周期性脱落形成月经。若是子宫内膜种植于子宫腔之外，如卵巢、子宫直肠窝、盆壁、肠壁等，逐渐生长，在发生月经的时候，这个地方也会出血。如果是宫腔里的子宫内膜，即在位内膜，可能会随着月经排出去，可是在宫腔之外的内膜，即异位内膜，这种异位内膜出血不会排出，多在局部堆积，特别是在卵巢堆积，并向卵巢内部浸润构成包块，这些血块常年经久的累积变成巧克力样的脓性陈旧血液，类似于咖啡颜色，即是巧克力囊肿。通常在做手术的时候，把囊肿剥离出来，里边会有很多巧克力样液体流出。巧克力囊肿对病人的影响主要是痛经，晚期会影响患者受孕能力。
