巧克力囊肿腹腔镜手术后伤口疼需具明确原因后对症处理，具体如下：

1、腹腔镜腹壁穿刺口疼痛，这种疼痛往往由于手术中穿刺孔伤及患者的小血管出现皮下血肿，或者在穿过肌肉层的时候对肌肉有小的损伤，这两种情况大多数会在短期内恢复，不会造成远期影响，大家不必担心；

2、术后出现持续腹痛，应当引起注意，要分析腹痛原因有可能是：手术效果不佳引起，这个时候要寻找是否有手术后出血，或者是因为巧克力囊肿的特殊性，手术中是否误伤周围脏器，比如输尿管或肠管引起相关的异常反应；

3、巧克力囊肿患者术后因将其原有粘连分离，所以短期内患者反而会有一种隐痛感觉，在后期的药物治疗中这种感觉会逐渐减轻。

所以当患者出现术后术区疼痛的时候，要具体分析寻找原因，针对具体病因做出相应处理。