结肠炎根据其病因不同，分为特异性结肠炎和非特异性结肠炎。特异性结肠炎又分为感染性肠炎、缺血性肠炎、伪膜性肠炎，不同病因要给予不同的治疗。非特异性肠炎，俗称炎症性肠病，包括克罗恩病、溃疡性结肠炎。在临床上或者是广大患者当中，通常讲的结肠炎，多指溃疡性结肠炎。溃疡性结肠炎是一种慢性反复性疾病。应根据患者的具体病情，给予个体化、整体化的治疗方案。整体而言，结肠炎的治疗方法包括：
1、一般治疗：在营养、休息、护理等方面给予不同的指导；
2、药物治疗：水杨酸、水杨酸制剂、激素、免疫抑制剂、生物制剂等。而在水杨酸制剂、激素的使用中，又有不同的用药方式，比如口服、静脉、肛门、灌肠用药，再结合患者的具体病变部位、病情轻重，选择合适的治疗方案；
3、手术治疗：当患者出现穿孔，或者是大出血、中毒性巨结肠时，主管医生要与患者及时沟通，把握手术时机；
4、新兴治疗：如粪菌移植，根据我们科室的粪菌移植经验，本法对溃疡性结肠炎的诱导缓解有不错的疗效。