鼻窦炎手术的后遗症较少，鼻窦炎手术是将鼻窦的开口扩大，去除鼻窦之间的间隔，有时需要修整中鼻甲，以利于鼻窦的通畅引流。进行鼻窦炎手术时，通常不会动下鼻甲和嗅区黏膜，术后可以改善病人鼻腔的通气作用和嗅觉功能。

通常术前嗅觉功能下降的病人，术后大概有90%的概率可以使嗅觉得到恢复。少部分病人术后会出现鼻腔干燥的情况，多与鼻腔冲洗有关，如果长期使用生理盐水冲洗，可能引起鼻腔干燥。如果术中没有出现并发症，一般术后留下后遗症的可能性也较小。