患者右侧有囊肿老有疼痛，常见的原因和处理方法有以下几点：

1、如果患者右侧囊肿位于乳腺，此时乳腺囊肿的体积，较小时可以没有症状，但如果囊肿体积较大，造成组织腺体和乳管的压迫，患者确实会出现局部的疼痛症状。通过乳腺彩超检查，明确囊肿的体积、大小和位置关系，必要时可以经过微创手术下行囊肿的切除，避免局部组织受压，从而减轻囊肿所造成的疼痛症状；

2、如果患者囊肿位于右侧肝脏，体积较大时会造成肝包膜的牵扯性疼痛，患者会伴有右上腹疼痛，以及右侧腰背部的放射性疼痛。可以通过肝脏增强CT或磁共振检查来明确囊肿，在肝脏的位置关系以及与胆管、血管的毗邻，必要时经过超声引导下肝囊肿穿刺引流，或者行腹腔镜下，肝囊肿去顶引流手术来祛除囊肿，解除局部压迫，改善患者的疼痛症状；

3、如果患者囊肿位于女性的右侧卵巢，这种情况会出现卵巢囊肿扭转而引起的疼痛症。必要时也需要行手术治疗，切除囊肿才能够改善局部的疼痛。