扁桃体病毒感染本质是上呼吸道感染的一种表现，因为扁桃体是上呼吸道通路的重要组成部分。扁桃体病毒感染症状首先是局部充血、肿大，扁桃体病毒感染不会产生脓性分泌物，只会导致扁桃体局部充血、肿胀。其次是全身的表现，扁桃体病毒感染全身表现与上呼吸道感染全身病毒感染表现相同，有肌肉酸痛、全身乏力，甚至发热等症状。

需要特别指出的是，一种特殊类型的扁桃体病毒感染叫传染性单核细胞增多症，主要表现是扁桃体局部肿大，是病毒感染类型，局部疼痛比较明显，多见于青少年，需要进行积极治疗才能有效控制。