巧克力囊肿可表现为CA125增高。大部分患者在发病初期症状较轻时，巧克力囊肿较小，CA125可能没有变化。CA125增高常见于重症子宫内膜异位症，或者是深部浸润型子宫内膜异位症的患者。一般CA125增高范围较为宽泛，对于轻度或者轻度升高CA125患者，可以先采取观察治疗。

CA125不是特异性和敏感性高的指标，在子宫内膜癌或卵巢癌等疾病中可能水平增高。部分炎性疾病也会导致CA125增高，所以CA125通常用于随访、评价手术疗效，以及术后复发情况。