核酸检测可以通过检测呼吸道分泌物，也可以通过粪便检测，根据具体是和何系统发生的感染来决定，具体如下：

1、上呼吸道感染：发生呼吸道感染，比如流感、新型冠状病毒感染，可以做呼吸道分泌物的检测，最常用的是咽拭子，通常口咽拭子或鼻咽拭子，从口腔采集或从鼻腔采集，但目的是采集咽喉部位的上皮细胞，检测细胞内是否有核酸，或该部位的呼吸道分泌物，检测有没有新型冠状病毒核酸或流感核酸。以新型冠状病毒为例，因为在呼吸道繁殖最常见，所以通常采用的是咽拭子检测；

2、下呼吸道感染：对于重症病例，还有可能采集下呼吸道的分泌物，比如深度诱导排痰或进行气管镜、取肺泡灌洗液做核酸检测；

3、消化道感染：部分新型冠状病毒肺炎患者表现为消化道症状，如呕吐、腹泻，可以做粪便的核酸检测，也可以做肛拭子的核酸检测，比如轮状病毒感染或诺如病毒感染，通常取粪便或肛拭子。目前诺如病毒感染较常见，一般是通过做肛拭子或粪便的病毒核酸；

3、血液传播疾病：比如乙肝、丙肝、艾滋病，一般是取血标本做核酸检测，一方面是评估病毒是否在复制，另一方面是用于评估治疗效果，如果进行抗病毒治疗后，核酸的定量越来越低，一直到检测不到说明治疗有效。

所以核酸检测选择何种方式，取决经何途径传播，取决于在何系统发生繁殖、复制，所以会根据不同的情况，选择不同的检测方式。