食管闭锁手术后遗症如下：

1、任何伤口都会有疤痕形成，食管收缩后可能再次出现狭窄，所以在术后要进行定期食管扩张，避免食管挛缩过小回到狭窄或闭锁状态。同时患者手术前需要尽量少吃，使管道能够顺利通过，术后可逐渐增加食量及营养，有助于手术顺利恢复，保证患儿正常生长发育；

2、术中可因营养较差导致管道连接失败，需通过后期进行再次修补。