根管治疗第二次仍然出现疼痛，可能与患者牙髓未完全去除干净有关，例如牙髓在失活过程中，由于失活剂没有导致牙髓出现明显灭活，存在部分残余活髓，同时根管治疗进行扩管、拔髓时，可出现相应疼痛，且操作过程中触碰到活牙髓，疼痛较剧烈。

根管治疗第一步为开髓引流，第二步牙髓失活，第三步根管预备即去髓，第四步根管消毒，第五步根管充填。根管预备过程，若将牙髓去除干净，疼痛完全消失，存在残髓会持续疼痛。因此将牙髓彻底去除且进行完善根管预备，属于根管治疗关键步骤。