肺结核阴性又称为菌阴肺结核，表示患者痰液抗酸杆菌结果呈阴性，是检验肺结核活动性的指标之一。菌阴肺结核与痰标本合格率、病情严重程度、影像学上病灶部位与支气管距离有关。由于儿童不会正确吐痰，痰标本合格率较低，结核菌检出率更低，因此痰检阴性不代表痰液完全没有结核菌，只是结核菌相对较少，不容易被发现。
肺结核阴性需要临床医生综合分析，如果患者无任何症状，结核感染T细胞检测或结核PPD皮试无异常、胸部CT无异常病灶，此时痰液未找到抗酸杆菌，可能提示患者未感染肺结核。如果患者出现临床症状，胸部CT有类似结核的病灶，此时即使痰液未找到抗酸杆菌，也不代表患者没有肺结核。因为肺结核患者会间断不均匀地排出结核杆菌，一次痰液检查可能出现假阴性，所以需要收集3次以上的痰液，包括清晨痰、夜间痰、即时痰，或者支气管下进行刷检或者灌洗液送检，以提高阳性率。
