原位新膀胱术后并发症包括常见的全膀胱切除术后并发症，比如尿液潴留造成的感染、电解质紊乱，以及出血、误伤周围脏器等。此外，比较特别的是新膀胱与尿道重新吻合之后，其吻合口的恢复情况有时相对难以控制，可能会造成狭窄、尿液引流困难等情况，属于原位新膀胱术最多见的问题。但是即使出现此类问题之后，医生还是有较多方式能够解决，比如重新做微创的尿道瘢痕切除或者尿道狭窄扩张术。