脑垂体囊肿是手术风险相对比较低的一类手术。因为大部分脑垂体囊肿体积不会非常巨大，而且这部分囊肿通常与正常的垂体之间，有比较清晰的界限。在手术过程中，虽然对正常垂体可能有一定的牵拉，会造成患者术后出现一过性的垂体激素异常。但是一般，这种异常的发生率并没有那么高，而且即使出现一段时间的垂体激素异常，通常在很短的时间内就能恢复到正常状态。
也有一些患者在囊肿切除过程中，对垂体炳有骚扰，术后会出现一过性的尿崩症，对于尿崩症的出现也可以通过口服药物进行很好的控制，通常在2周之内都能完全恢复到正常。另外一些患者在经鼻蝶入路的囊肿切除手术之后，有可能会出现脑脊液鼻漏的情况。可以通过腰大池引流的方法适当控制，大部分患者脑脊液鼻漏的情况，也能够得到比较理想的控制。
由此可见，脑垂体囊肿手术基本上是风险可控，治疗效果比较好的一类手术。对于脑垂体囊肿比较大、影响到正常垂体功能时，或者压迫视神经、视交叉造成患者视力障碍时，可以比较安全的进行神经外科手术治疗。
