女性发生肛瘘的原因和男性相同，都是由肛腺感染引起，而肛腺感染通常以肛门后位为主。肛门周围感染由后位肛腺引起的感染比较多见，也有的瘘形呈马蹄形，向肛门左侧、右侧蔓延。但女性因为前方有阴道，所以容易出现一种特殊的瘘管，即感染到肛门前位脓肿，很容易从直肠前壁间隙感染阴道，甚至从阴道破溃形成肛门阴道瘘。

肛门阴道瘘是女性肛瘘少见且复杂的一种疾病，所以在治疗上与普通高位肛瘘、普通肛瘘治疗方法截然不同。虽然发病率不高，但手术需要更高的技巧性，在愈合方面，还要关注直肠和阴道完整性，所以手术需要比较慎重。