慢性化脓性中耳炎常见致病菌有金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、变形杆菌和克雷伯杆菌等。如果病程较长常出现两种以上细菌混合感染，糖尿病患者或者长期应用抗生素滴耳液患者可以发生真菌感染，还可以有结核杆菌感染等。

在慢性化脓性中耳炎治疗中，有时反复感染、流脓不愈的患者，可以取中耳里面的分泌物做培养，判断患者到底是哪种细菌感染。根据做药敏试验，看对哪种药物更加敏感，这样可以做到更针对性的杀死细菌治疗。