慢性化脓性中耳炎在临床上容易与慢性外耳道炎、慢性鼓膜炎、结核性中耳炎相混淆，具体鉴别诊断如下：

1、慢性外耳道炎也可以耳朵流脓、流液甚至听力下降，但仔细去除外耳道分泌物后，常观察鼓膜没有穿孔，CT表示中耳看不到病变；

2、慢性鼓膜炎症状是耳内长期流脓史，鼓膜上可以看到肉芽但鼓膜没有穿孔；

3、中耳癌一般常见于中老年患者，听力损失较明显，鼓室内有新生物，早期可以出现面瘫、出血、疼痛等，颞骨CT可见明显骨质破坏；

4、结核性中耳炎可以短期内耳流脓史，可致听力损失、面瘫、鼓膜大穿孔、苍白肉芽，这时取肉芽病检，可以鉴别。