先天性膈疝，胸外科可以选择经胸手术。经胸手术一般是开胸或者用胸腔镜微创治疗，也可以用微创先进行探查，但微创手术不太好缝。如果有疝，就要先把周围组织分离清楚，因为有部分腹部的脏器，已经跑到胸腔里，时间长了导致完全粘连，基本上分不开。
在分离时一定要小心，因为容易把肠管分破，也容易把肠管的血管破坏，造成后续的肠坏死。为了避免该情况，一定要仔细分离，游离后最好把肠内容物回纳入腹腔，把疝孔进行加强缝合，比如进行叠瓦状的缝合，增加其牢固性，避免后期的再撕裂，造成裂孔疝。