目前可以采取以下几种方式检查肠道菌群是否失调，具体如下：

1、粪便杆菌球菌比例检测：可以大致判断是否存在肠道菌群失调，目前较为常用。通常情况下，杆菌、球菌的比例是(8-10)∶1，如果患者杆球比低于正常水平，可能存在肠道菌群失调。而更加严谨、准确的检测方法，主要是通过科学研究的方式进行，目前临床上尚未开展，因为这些方法对实验仪器要求比较高，费用也比较高，不适合在临床上大规模使用；

2、其它方法：患者还可以通过对粪便16S蛋白进行检测，以及通过基因组检测等方法进行判断，还可以进行粪便培养，如果培养出现致病菌，通常提示肠道菌群存在失调的情况。

出现肠道菌群失调一般存在诱因，比如患者因为其它疾病使用抗菌素，尤其是使用广谱抗菌素，使用时间较长或患者本身体质比较弱、免疫状态比较差，以及久病的患者，平素营养状况较差，无法正常饮食，都是肠道菌群失调的危险因素。如果存在上述危险因素，患者又出现肠道功能紊乱的表现，例如腹泻等，通过常规治疗效果比较差，需要考虑存在肠道菌群失调的情况。