蛛网膜囊肿手术后遗症和并发症发生率相对较低，在成熟的神经外科中心，发生率已经下降到5%以下。常见并发症有囊肿术区再次出血，需要再次手术清除血肿，还有切口愈合不良、切口感染，甚至脑脊液漏。

进行囊肿分流手术的患者因为携带分流管可能导致并发症和后遗症，常见的有分流管阻塞、颅内感染，部分还需要更换分流管或改换其它手术方式进行治疗。无论是内镜造瘘手术还是分流手术，并发症和后遗症发生率都相对较低，一旦术后出现上述并发症和后遗症，早期发现，积极治疗，可有效控制病情发展。