目前对于肾结石的治疗，除了保守治疗，就是微创手术的天下，现在已经极少采取开放手术方法切开肾进行取石。微创手术现在有两大类，一种叫做经皮肾镜碎石取石术，另一种叫输尿管软镜下钬激光碎石术。这两种手术方式各有特点，总体来说经皮肾镜碎石取石术效率较高，能处理大结石。输尿管软镜下钬激光碎石术安全性更高，处理结石一般较小，一般只处理直径＜2cm的结石。至于对结石能不能都处理，还要根据具体病情来定。
从目前医学研究来看，绝大部分肾结石都可以通过微创手术来解决，个别结石由于位置非常不好，通过经皮肾镜或者通过输尿管软镜，都不能很好到达结石位置，有可能就处理不了。另外，如果肾有先天性畸形或者以前做过开放手术，肾结构解剖特点已经改变等，也有可能造成手术失败。总之，目前微创手术能处理绝大部分肾结石。
