甲状腺微粒体抗体升高，提示机体发生自身免疫性疾病，机体把甲状腺当做抗原产生自身抗体，包括微粒抗体、甲状腺球蛋白抗体等。

自身免疫性疾病主要是甲状腺的疾病，包括桥本氏甲状腺炎、弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症等。也可见于其它的自身免疫性疾病，包括类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、多发性肌炎、重症肌无力等，都可能出现甲状腺的抗体升高。

出现抗体升高时，还需要检查其它相关的临床症状和体征，如果患者除了出现抗体升高，又发现甲状腺激素水平的变化，如发生桥本氏甲状腺炎。随着病变的进展，除了抗体升高，甲状腺组织逐渐由淋巴细胞所代替，最终发生甲状腺功能减退症。

如果发生弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症，甲状腺激素的抗体可能升高，甲状腺激素也升高，产生甲亢，需要按照甲亢进行治疗。如果没有甲状腺的疾病，是由其它的自身免疫性疾病导致抗体升高，需根据不同的临床表现，做出对应的诊断。