甲亢患者之所以不容易怀孕，有多种病因。有研究发现甲亢患者可以有月经紊乱，主要表现为月经延长或缩短，最初经量减少，最终可以发生闭经，导致生育率下降。即使是怀孕，流产的危险性也大大增加。

甲亢患者怀孕几率减少与甲状腺功能状态没有明显相关，而自身抗体的存在被认为是预测流产的易感标志。某些甲亢患者可能是由于月经中期黄体生成素的峰值低于正常，主要以没有排卵性月经周期为主，伴有月经量稀少。

另外一些患者则通过分泌期子宫内膜证实有排卵，有文献报道，育龄期甲亢患者血浆基础的黄体生成素和卵泡刺激素水平正常，但是对促性腺激素释放激素的反应性增加。

过高的甲状腺激素会造成促性腺激素释放激素的信号转导异常，造成黄体生成素和卵泡刺激素的脉冲频率和振幅异常，影响正常排卵，造成甲亢患者受孕困难。