鼻咽肿物活检一般在内镜下进行，待鼻腔充分麻醉、收缩，进入内镜时对鼻腔造成的痛苦和刺激较小，多数患者只有轻微异物感。随着医疗技术进步，鼻咽部手术属于小手术，没有较多的痛苦。术前可使用鼻腔喷雾或麻药棉片浸润鼻腔，起到麻醉鼻腔黏膜、扩张鼻腔的作用，增大手术操作空间。

活检过程中，在鼻咽镜下通过内镜管腔导入活检钳，鼻内镜下也可以配合较细的活检钳，进入充分麻醉的鼻腔，在内镜下准确定位需要活检切除的部位。通常切除组织较小，黄豆大小即可，而切除后的少量渗血多数情况下可自行缓解，无需过分紧张。