新生儿化脓性脑膜炎常见病原菌有大肠杆菌、葡萄球菌、链球菌。

大肠杆菌多源于母亲产道或婴儿肠道，葡萄球菌多见于新生儿皮肤感染或脐带感染。还有一种无乳链球菌，可以源于产道、皮肤、消化道等。此类细菌致病能力强，引起炎症反应较重，是成人常见定植菌，致病力较弱，可以与成年人共生，对抵抗力正常的成年人几近无害。同时因为是常见定植菌，对抗生素耐药多，当新生儿感染细菌发病时治疗难度较大。