皮下囊肿和脂肪瘤有本质区别，具体如下：
1、皮下囊肿：一般叫皮脂腺囊肿，是最常见皮肤来源的一种囊性肿物。最主要的形成原因，是毛囊下方的皮脂腺没有通过毛囊分泌出来，导致在皮肤毛囊下方瘀滞、潴留，慢慢变大，形成潴留性囊肿。它完全是个囊性囊肿，囊内容物实际上就是皮脂腺，有些皮脂腺会继发感染，出现局部的红、肿、热、痛；

2、脂肪瘤：它不是来自皮肤，而是来自皮下脂肪层脂肪组织瘤样增生的一个表现，有一个完整的包膜，也有一个完整的被膜，是实性肿物，基本上都是良性。少部分脂肪瘤可能位于肌腱，或者更深的地方，相对来讲可能会有一些症状，疼痛表现。肌腱脂肪瘤有一定恶变的风险，需要去干预。