功能性胃痛是在排除器质性病变的基础上，即常规的化验检查、生化检查及影像学检查未发现异常，但病人有明显的与进食相关的胃痛。此时需排查胆汁反流性胃炎、胃食管反流病、慢性胃炎、胆囊炎、胆囊结石、肝硬化，以及胃十二指肠肿瘤。

此外，病人要进行相关检查如胃镜，以及肝肾功能、甲状腺功能检查，同时要进行上腹部B超或血淀粉酶、心肌酶谱，以及电解质、血常规、C反应蛋白等。排查以上情况后，如果胃痛直接与饮食相关，称为功能性胃痛，常与内脏高敏状态及神经功能紊乱，如焦虑、抑郁情绪等有关。