月经后大概2-3天，当月经完全干净了，就可以做肠镜。即一旦月经全部结束，实际上子宫内膜完全修复了，所有的血管断端以及内膜的表面全部完整了，就不用担心做肠镜，导致的粪水污染到阴道，逆行感染到子宫。
在经期期间，比如正在发生的过程中，不要进行肠道准备，以及做肠镜。而当月经比如今天确定结束，但是有时黏膜还会有，比如激素水平不稳定、黏膜脱落不稳定，这时等个2-3天，肯定不再出血了，可以踏踏实实进行肠道准备和做肠镜。
否则可能做了肠道准备又出血了，而做肠道准备其实也不是很舒服，要喝2000-3000mL的洗肠液，这时受检者又遭了罪，又不能够做相应的检查。因此，建议一般月经期过后2-3天再做肠镜，会比较稳妥一点，可以确保不会因为子宫内膜的脱落，而造成逆行感染。
