患者咳嗽、反复发热的原因如下：

1、呼吸道感染，包括细菌感染、病毒感染以及支原体、衣原体、真菌等感染；

2、体温中枢的异常调节，或皮肤的散热异常；

3、无菌坏死物的吸收热。

对于伴有咳嗽、反复发热的患者，此时应进行胸部的影像学检查，包括胸片或者CT检查，另外还可以检查血液的一些炎症指标是否升高，包括血常规的白细胞计数，还有C反应蛋白、降钙素原等。有痰的患者还应进行一些病原菌的检测，明确感染具体的病原菌性质，这样才能进行有针对性的治疗。