目前克罗恩病的病因尚不明确，认为是多因素综合作用的结果，包括环境、免疫以及遗传因素，具体如下：
1、遗传因素：大量研究显示，克罗恩病患者亲属患病率要高于一般人群，同卵双生患病率高于双卵双生，科学家也发现不少易感基因；
2、环境因素：吸烟和感染可能也是诱发因素，因为吸烟会增加克罗恩病发病率，部分患者戒烟之后，克罗恩病症状能缓解。同时又因为克罗恩病与沙门菌或肠结核等细菌感染有类似症状，所以可能感染也是一种病因，但是目前没有发现确切的病原体；
3、免疫因素：一般会发现克罗恩病患者肠黏膜免疫系统存在紊乱，病理上类似迟发性变态反应，血清中也能检测出多种抗体。
