儿童风湿免疫系统疾病包括200多种疾病，因为每种疾病的性质不同、病因不同，所以预后存在很大差别。比如川崎病、风湿热，尤其是风湿热，如果没有并发心脏炎，用药物以后，症状大多数能够缓解。但有些疾病，如系统性红斑狼疮、X-连锁无丙种球蛋白血症、黏多糖病，只能用药物控制症状，并不是每个疾病都能治好。有些只能用药物控制患儿的症状，使患儿尽可能维持正常生活、学习。对于有些疾病，即使用药物以后，也并不能完全控制症状。

因为风湿免疫系统疾病的发病原因、发病机理非常复杂，很多疾病到目前为止，都找不出明确的发病原因和发病机理，尤其是一些遗传代谢性疾病、基因性疾病，因此预后相对就比较差。